歷史沿革
（一）開山祖師於民國四十六年創辦「新竹女眾佛學院」
民國三十八年，許多法師隨著政府從大陸來到台灣，輾轉到達新竹，其中有太虛大師的第子大醒法師，他到台灣後不久，就向政府申請成立一所培育僧才的佛學機構「台灣佛教講習會」，吸引大批青年學僧，如星雲、了中、印海法師等數十位青年法師前來聽課。可惜在開辦半年後，因大醒法師往生而告停。
「台灣佛教講習會」停辦後隨即由台灣省佛教會承接主辨，於民國四十年春發函各縣市佛教會招收學僧，又專程從香港禮聘演培法師來台主持教務。此次重新開辦講習會，就讀的學僧主要則以台灣的青年學僧為主。由於演培法師,堅持主張男、女二眾一定要分班，所以尼部就被分置於中壢圓光寺;而男眾部設置於新竹青草湖靈隱寺，學僧有晴虛、聖印等數十位法師。
第一屆「台灣佛教講習會」於民國四十三年畢業，因經濟問題，在民國四十六年才重新招生第二屆，男眾部繼續由靈隱寺提供場所，易名為「靈隱佛學院」，由績明法師擔任教務主任；女眾開辦地點則改在壹同寺（舊寺），名為「新竹女眾佛學院」，教授佛學課程的老師，都是禮請福嚴精舍的法師支援。
「新竹女眾佛學院」是台灣佛教首次正式開辦的女眾佛學院。院長為印順導師，副院長為演培法師，教務主任為妙峰法師，玄深法師則擔任訓導主任一職，參與學生之生活管理，輔導教化學生。可惜後來由於經濟問題，所以只辨一屆三年後就停辦了，培育學員達四十多人。
佛教講「諸法無我」，緣起緣滅，一切都是因緣和合。雖然玄深法師本身對「寺廟學院化」已有深刻體驗，又在日本觀察佛教興學的精神，但促成法師毅然興辦「新竹女眾佛學院」的動力卻是印順導師與演培法師，因為印順導師觀察到民國四十年代的寺院，大都由女眾住持，她們勤勞節儉，將道場整理得清淨莊嚴，一生歲月全奉獻在佛教。導師看出這股力量，認為寺院的運作，弘揚佛法功能更不可缺少，為了培養此能力，得成教育著手。演培法師則是正式向玄深法師提議辦理女眾佛學院者，雖然當時的經濟不寬裕，但玄深法師仍毅然投入，無怨無悔的培育僧才。
（二）如琳院長於民國九十一年復辦「壹同女眾佛學院」
如琳院長畢業於福嚴佛學院女眾第一屆，與其師玄深上人一樣，相當重視僧伽教育。由於福嚴佛學院女眾只辦到第六期，到了第七屆，又由女眾轉換為男眾。如琳院長認為眾生是平等的，看到男眾有好的學習環境，認為假如女眾也有的話，那就是平等了。於是去請教一些長老，長老們都說壹同寺的地緣是天下找不到的。為延續福嚴女眾教育理念，也恢復民國四十年代「新竹女眾佛學院」辦學精神，如琳院長決定辦理女眾佛學院。為辦好佛學院，一定要給學生一個完整的環境，不能有所參雜。於是，就把原有的舊房子一直去改變，改變到現在學院所使用的環境；雖然不是很大，不是很寬闊，但是「麻雀雖小，五臟俱全」，圖書館、教室、寢室、齋堂、大寮、活動的地方、淨房等一應俱全。 「壹同女眾佛學院」於民國九十一年正式成立，學生來自海內外，課程含括三藏典籍、梵巴語文、英日文、教史教制，古文書法、太極拳等。教師以福嚴佛學院的法師為主，亦禮請外界一些學養俱優的師資。對於學生，除在課業上嚴管勤教外，也重視僧格人格的養成，以身教、言教、境教陶冶，學生在潛移默化中成長，畢業後回到原來的常住，常住師長看到學生的成長與進步，亦讚嘆有加。
辦學理念
（一）本院乃佛教人士創辦之教育園地，故一切宜遵佛陀教法，作為教育方針。
（二）本院教育宗旨：以傳統中國佛教之叢林教育為典範，依戒定慧三學總持，培育悲智相成，解行兼修之真實正法僧才，期能住持正法，續佛慧命。
院訓
院歌
E調 速度＝82 詞：釋惟智 曲：張剛、張平
夕陽餘暉映觀音 香煙裊裊繞寶塔 沁心甘露灑竹林 和風習習送紅亭 我們一同 壹同來播種 我們一同 壹同來修學 苦集滅道泯惑業 十二因緣明三世 智慧雨 般若花 行聖道 除憂苦 我們一同 壹同來耕耘 我們一同 壹同來奉獻 慈悲喜捨憫眾生 常轉法輪湣有情 菩提心 菩薩情 行四攝 修六度